El PCCR recién fundado en 1931 se apoyó en la Unión General de Trabajadores (UGT) y en los trabajadores desocupados que sirvieron de movilización y agitación en sus primeras luchas.
Desde 1913 hasta 1943 el movimiento obrero era unitario y único. Una sola central sindical, Confederación General de Trabajadores (CGT), aunque no todos los sindicatos estuvieran allí, independientemente de quienes la dirigieran, si con influencia anarquista hasta 1923, que se disuelve para apoyar al volismo, si reformistas del 23 al 28 que influyen al los trabajadores, o revolucionarios cuando se funda la UGT del 28 al 31, o comunistas a partir de 1931, cuando asumen su conducción política.
Desde 1920 la CGT había asumido con su punto IV en el Programa la alianza obrera campesina, de manera que dirigía así las luchas de trabajadores urbanos y agrícolas.
El desarrollo organizacional y político del PCCR en el Valle Central, con la experiencia de las huelgas de 1934, la bananera, la de trabajadores agrícolas y de zapateros en Turrialba, así como las movilizaciones de desocupados por la crisis del 29 que llegó hasta 1933, aprovechando la larga experiencia de organización y lucha de trabajadores y pequeños productores en la región de Heredia, en San Pablo, Barba y Santa Bárbara, el PCCR desplegó un importante nivel de luchas en esta región cuyo principal dirigente era Herminio Alfaro, a quien asesinaron en 1935. Su entierro se convirtió en una gran manifestación de protesta contra su crimen y de movilización de sectores de distintas partes del Valle Central.
Estas luchas campesinas, de trabajadores agrícolas y de pequeños productores, rápidamente llevó al PCCR a desarrollar organización sindical entre pequeños productores y a valorar la necesidad de impulsar una organización específica para atender sus necesidades y demandas políticas y reivindicativas, en sindicatos de pequeños productores agrícolas. Así en 1938 el PCCR decidió en lugar de la UGT formar dos organizaciones sindicales para atender las necesidades de los trabajadores urbanos, para lo cual fundan el Comité Sindical de Enlace (CSE), y para las necesidades campesinas impulsan la Unión Nacional Campesina (UNC.
Con estas organizaciones el PCCR durante el período 1938-1942 rearticuló y desarrolló sus luchas, movilizaciones y agitación de sus tesis y demandas, y el apoyo a su trabajo político parlamentario, muy ligado a la propuesta de proyectos de ley concretos que beneficiaban a estos sectores campesinos.
La situación política desde 1938 hasta 1942 había cambiado sustancialmente. El PCCR se había convertido en una fuerza electoral manifiesta con casi el 11% de votación en la elección de 1939. Se había iniciado en 1939 la Segunda Guerra Mundial y en 1941 el peso de la crisis de esta guerra se hizo sentir con fuerza en el país. Frente a la crisis el PCCR lanzó su programa nacional de emergencia para enfrentarla, en la cual jugaron un papel muy importante el campesinado, porque el tema de la producción agrícola y alimentaria era básico.
La alianza de Calderón Guardia con León Cortés y la Iglesia Católica para derogar las leyes liberales, había permitido mover y organizar liberales y crear condiciones de alianza electoral, que aunque no se plasman si levantan las banderas de estas posibles alianzas multisectoriales, clasistas y políticas que venían esbozadas desde el VII Congreso de la Internacional Comunista.
El gobierno de Calderón, por su parte, se había fragmentado con motivo de su alianza internacional antifacista, la declaratoria de guerra a Italia, Alemania y Japón, y por las medidas que tomó contra la llamada Quinta Columna en el país.
El cortesismo principalmente se había separado de él y hasta se intenta un golpe de Estado para derrocarlo. Esto permitió el acercamiento del PCCR al Gobierno y la alianza práctica que se va a realizar en los años siguientes, con Calderón Guardia, la Iglesia jefeada por Monseñor Sanabria y luego con el gobierno de Teodoro Picado.
En 1942, por este motivo, el PCCR decide de nuevo reunir en una sola organización al CSE y a la UNC y funda el Comité Nacional Sindical de Enlace (CNSE) que durante el año 42 y 43 dirige la lucha comunista de apoyo al Gobierno, a sus reformas sociales iniciadas, y en 1943, una vez que se concreta más sólidamente la alianza con el Gobierno y la Iglesia, funda la Confederación de Trabajadores de Costa Rica (CTCR), la organización que dirige en el sector obrero y popular las movilizaciones en favor de la reforma social.