En 2010, la Unión de Universidades de América Latina y el Caribe (UDUAL) dispuso crear el Observatorio de la Autonomía Universitaria, iniciativa impulsada de manera conjunta por el Rector de la Universidad de Guadalajara (UdG) y la Rectora de la Universidad de Costa Rica, Dra. Yamileth González García, quien es la Presidenta de la Comisión de Defensa de la Autonomía Universitaria de dicho organismo asociativo. La instalación oficial del Observatorio se hizo en mayo de 2011, en el marco de un Foro de tres días  efectuado en la UdG y al que asistieron rectoras y rectores de distintas universidades de América Latina y el Caribe.
Previamente, en octubre de 2010, la Rectora González García había decidido conformar la Comisión Institucional de Autonomía Universitaria de la UCR.
En reunión de la UDUAL celebrada en la Universidad de Costa Rica en diciembre de 2011, con la participación de 21 rectoras y rectores de distintas universidades públicas, se acordó la creación de la Secretaría Académica del Observatorio de la Autonomía Universitaria, acordándose a su vez que la gestión de dicha Secretaría quedara a cargo la UCR. El Observatorio también cuenta con una Secretaría Técnica, la cual es coordinada por la Rectoría de la UdG, institución donde se encuentra instalado el Observatorio.
La autonomía universitaria, legado del Movimiento de Córdoba de 1918 y atributo que da su esencial identidad a la universidad pública latinoamericana a lo largo del último siglo, hoy ha vuelto a convertirse en un tema de muy especial importancia, dando apertura al debate y generando la necesidad de que las comunidades universitarias retomen su análisis y estudio.
Las tendencias y realidades estructurales que hoy han pasado a tener una repercusión clara en la institucionalidad y en la identidad académica de las universidades públicas, deben ser estudiadas y analizadas por la comunidad universitaria de todas estas instituciones.
La autonomía universitaria es condición necesaria e insoslayable para el logro y mantenimiento de la excelencia académica, la formación integral humanística, la libertad de cátedra (garantía del ejercicio de la libertad de pensamiento), la generación de conocimientos, la pluralidad y la diversidad de la razón, el intercambio y el debate de las ideas, la reflexión crítica, el desarrollo y la sustentación de la conciencia lúcida. Desde luego y, por consiguiente, la autonomía universitaria es también indispensable, para que la universidad pública pueda llevar a cabo y a cabalidad las funciones que tiene a su cargo, en procura de cumplir con la responsabilidad y con su compromiso de ser una institución que aporta una contribución sustantiva para el logro del bienestar de la sociedad en su conjunto.
La labor que se busca desarrollar por medio de la Secretaría Académica del Observatorio de la Autonomía Universitaria de la UDUAL, está dirigida a promover la reflexión, el estudio y el análisis, acerca de lo que la autonomía universitaria ha significado históricamente para la universidad pública latinoamericana, así como de lo que representa en el presente y para el desempeño futuro de estas instituciones. La UCR, sin lugar a dudas, es una de las instituciones que con la mayor propiedad del caso puede aportar de manera muy significativa al desarrollo de una labor como la indicada.