A lo largo de su historia, las más importantes transformaciones institucionales que han marcado la senda de la Universidad de Costa Rica para dar respuesta a las exigencias o a las necesidades que surgen desde adentro y desde afuera de esta casa de estudios, se han dado gracias a la acción reflexiva que se genera en los Congresos Universitarios. De acuerdo con su Estatuto Orgánico, se trata del órgano de reflexión que incluye la mayor representación de la comunidad universitaria. El Congreso es convocado cada diez años para discutir alrededor de propuestas de transformación recogidas de su seno, y lo que se acuerda en esta instancia se convierte en materia de decisión política o administrativa en dos ámbitos universitarios de carácter colegiado, el Consejo Universitario y la Asamblea Colegiada Representativa.
La historia de los Congresos Universitarios no refleja necesariamente un desarrollo constante en cuanto al grado de significación de los cambios gestados y sus efectos, probablemente por las condiciones contextuales en que se han desarrollado. No obstante, sí se puede asegurar que los cambios más importantes experimentados por la Universidad de Costa Rica han sido producto de este esfuerzo de reflexión colectiva. En 1946 se realizó el primer Congreso Universitario en el que se discutió sobre la formación humanística que debía promover la institución, lo que daría pie para crear la Facultad de Humanidades más adelante en 1957. Las Humanidades surgen para cumplir la histórica misión de incluir en la formación una visión integral de persona y no solo de profesional que se especializa en un área del conocimiento. Gracias a esta iniciativa y al papel trascendente que jugaron en su momento quienes promovieron esta reforma universitaria, se impulsó la aprobación de una nueva Ley Fundamental de Educación para el país, inspirada en los mismos principios promovidos por la comunidad universitaria.
Uno de los Congresos más impactantes para la identidad y funcionamiento universitario fue el de 1973, el Tercer Congreso Universitario  al ubicar a la Institución en la realidad de la sociedad costarricense. El actual Estatuto Orgánico de la Universidad de Costa Rica fue inspirado por la reflexión llevada a cabo en ese momento en la comunidad universitaria. Uno de los hitos de esta deliberación es la elevación al rango de Vicerrectoría del tema de la vida estudiantil pues la institución se organizó administrativamente en cinco Vicerrectorías, a saber: Docencia, Investigación y Acción Social como áreas académicas, y las Vicerrectorías de Administración y de Vida Estudiantil. Si bien desde su creación la universidad había implementado programas compensatorios como el programa de becas, es a partir de este momento que la visión universitaria en cuanto al tema estudiantil se amplía a la inclusión de los temas de bienestar y salud, deporte y recreación y atención integral a las necesidades de orientación del estudiantado. Cabe destacar la creación del Trabajo Comunal Universitario como requisito de graduación,  de los seminarios de realidad nacional y un importante impulso a la investigación siendo una acción importante la creación de la editorial universitaria. Los siguientes Congresos, si bien no han sido considerados hitos como los anteriores, vinieron a darle contenido para la acción a las decisiones tomadas en el Tercer Congreso Universitario, destacándose el Cuarto Congreso por un marcado interés en la regionalización universitaria.
Corresponde al Consejo Universitario definir el tema de los Congresos Universitarios. Hoy, cuarenta años después de la última reforma en su estructura institucional, este tema surge nuevamente acompañado de otros grandes retos referidos al vínculo universidad-sociedad. El tema que convoca en esta oportunidad a la comunidad universitaria es Universidad pública y sociedad: Reformas en la estructura organizativa y en el quehacer académico. Como primer enunciado la institución reconoce y refuerza su responsabilidad con la sociedad en la que se encuentra inmersa, una sociedad que ha sufrido transformaciones aceleradas en las últimas décadas producto de las formas en que se han venido desarrollando los intercambios sociales y socio ambientales, en los más diversos espacios de construcción colectiva. Reconoce tácitamente la necesidad de transformarse en sus formas de organización y gobierno y sobre todo, en su concepción sobre el quehacer académico como medio sustantivo para crecer, desarrollarse y aportar a la sociedad con profesionales idóneos y consecuentes con sus principios fundacionales, con conocimiento generado en su seno y la proyección de este hacia quienes lo requieren. Si bien el Congreso se estará desarrollando entre los meses de marzo y junio de 2014, ya la conversación universitaria en espacios formales e informales incluye el tema y las posibles propuestas de transformación que vendrán a remozar la vocación de la más antigua casa de estudios superiores del país.